El Patronato es el más alto órgano de gobierno del Real Instituto Elcano: vela por el cumplimiento de la misión y los objetivos de la institución y ejerce sus funciones en plenario o mediante una Comisión Ejecutiva delegada. S.M. el Rey es su presidente de honor.
El Patronato se reúne en sesión ordinaria dos veces al año y ejerce las mayores facultades de representación, gobierno y administración de la Fundación. Se encarga, entre otras funciones, de la aprobación del Plan de Actuación Anual, el presupuesto, las cuentas y de la Memoria Anual de actividades. Asimismo, nombra al presidente, el vicepresidente, el director y el secretario del Patronato, y designa a los miembros de la Comisión Ejecutiva. También decide la incorporación de nuevos miembros y el nombramiento, a propuesta de la Comisión Ejecutiva, de los integrantes del Consejo Científico. Está representado en la Comisión de Transparencia.
Está integrado por los presidentes de las empresas y entidades Patronos del Real Instituto Elcano, así como los expresidentes del Gobierno (Felipe González, José María Aznar, José Luis Rodríguez Zapatero y Mariano Rajoy), los ministros de Asuntos Exteriores, Unión Europea y Cooperación, Defensa, Cultura y Deporte, Economía y Empresa, y un patrono a propuesta del principal partido de la oposición.
Participan también, como miembros electivos, representantes de los sectores académico, cultural y social españoles y ex ministros de Asuntos Exteriores y de Defensa. Los miembros del Patronato del Real Instituto Elcano recuerdan con agradecimiento y cariño a Leopoldo Calvo Sotelo, Jesús de Polanco, Juan José Linz, Emilio Botín, Rafael Naranjo, Carme Chacón, Gil Carlos Rodríguez Iglesias y José Folgado, quienes con su generosidad y experiencia, contribuyeron decisivamente como patronos a la creación y fortalecimiento de nuestra institución.
Presidente de Honor: S.M. el Rey